Symbiose se déroulant à l'intérieur d'un des deux organismes en jeu.
 L'apparition des premières cellules eucaryotes résulte probablement d'une
 endosymbiose entre une cellule procaryote et des mitochondries d'origine
 bactérienne (on parle dans ce cas d'hétérogenèse).
 De même, les cellules végétales résultent probablement d'une endosymbiose avec
 des chloroplates d'origine bactérienne.