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Groupe rassemblant toutes les espèces vivantes unicellulaires à noyau distinct. On y distingue les protophytes, espèces chlorophylliennes d'affinités végétales (diatomée), et les protozoaires, sans chlorophylle, d'affinités animales (flagellés, certaines algues unicellulaires, levures). La séparation entre végétaux et animaux n'y est pas toujours nette, certains micro-organismes présentant simultanément ou successivement des caractères d'autotrophie (propre au règne végétal) et d'hétérotrophie (propre au règne animal). Ainsi, de nombreux péridiniens, algues marines de couleur jaunâtre, sont normalement pourvus de chloroplastes mais absorbent également des proies vivantes. Dans certaines conditions de milieu, les eugléniens perdent la chlorophylle qui assure la photosynthèse et deviennent des prédateurs. Malgré ces ambiguïtés, il est généralement possible de reconnaître par des attributs morphologiques ou des caractéristiques biochimiques les représentants de ces deux règnes. Tous les protistes sont de dimensions microscopiques. Parmi les protozoaires, les amibes ou les flagellés ont une taille de l'ordre de 50 µm, mais les trimitus parasites des termites ne dépassent guère 1,5 µm. Les ciliés peuvent atteindre 50 m tandis que les foraminifères dépassent souvent le centimètre. Dans le cytoplasme des protozoaires baignent de nombreux organites semblables à ceux des cellules de métazoaires (mitochondries, corps de Golgi, ergastoplasme...). Les organites locomoteurs sont de formes et de dispositions variées. Les protozoaires phagotrophes montrent des sortes de vacuoles contenant les aliments ingérés. Chez les protistes, organismes eucaryotes (contrairement aux bactéries, organismes procaryotes, ou même aux virus), le noyau, qui contient le patrimoine génétique sous forme de chromosomes, est clairement différencié et limité par une membrane nucléaire. Les algues unicellulaires possèdent des organites cytoplasmiques dont certains sont spécifiques des végétaux, comme les chloroplastes. Ceux-ci contiennent un pigment photosensible, par exemple de la chlorophylle, qui sert à convertir l'énergie lumineuse en énergie chimique, laquelle permet la synthèse des composés organiques indispensables à la croissance. Enfin, leur statut de végétal n'empêche pas que les algues unicellulaires montrent une certaine mobilité grâce à des flagelles. On observe de nombreux modes de division cellulaire asexuée et tous les modes de reproduction sexuée. Les protozoaires se reproduisent généralement par division binaire. La mitose peut s'effectuer de façon comparable à celle des cellules des métazoaires (orthomitose) ou selon un mode particulier, la pleuromitose. Dans la pleuromitose (chez les radiolaires et les foraminifères, par exemple), la métaphase n'existe pas et c'est avec l'étirement de la membrane nucléaire que les chromosomes migrent et que les deux noyaux fils sont formés. Lorsque les protozoaires possèdent plusieurs noyaux, ce sont des divisions multiples qui assurent la multiplication. Chez les protozoaires toujours, les cycles évolutifs ne font pas forcément intervenir la sexualité. Les générations successives sont de formes différentes et se développent dans des milieux ou au sein d'hôtes différents. Chez les algues, la reproduction végétative est très fréquente, mais on observe également des modes de reproduction par spores. Ainsi, les chlamydomonas se transforment en sporanges qui donnent jusqu'à 16 zoospores mobiles. Ces zoospores se développent ensuite pour devenir des chlamydomonas. Il existe aussi des modes de reproduction sexués. Ainsi, les mêmes chlamydomonas peuvent donner naissance à des zoogamètes flagellés qui fusionnent 2 par 2. De cette fusion résulte un zygote qui donnera naissance à 4 nouvelles zoospores. On peut aussi distinguer les protozaires selon le nombre de flagelles qui leur permet de se déplacer : les unicontes (un seul flagelle) qui rassemblent les champignons, les choanoflagellés et les animaux (voir le spermatozoïde) ; les bicontes (deux flagelles), qui sont les plantes et végétaux. Les collodictyons sont les seuls à posséder 4 flagelles, laissant supposer que leur origine est très lointaine, peut-être même contemporaine de l'époque où la séparation entre les différents types de protozaires a eu lieu [05/2012]. Le taxon des protistes a été abandonné, car c'était essentiellement un fourre-tout ne servant qu'à rassembler les animaux qu'on ne savait pas ranger ailleurs, tel le Plasmodium falciparum vecteur du paludisme et le fameux "blob" Physarum polycephalum [11/2019].
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